Рибоксин применяется в комплексном лечении перенесенного инфаркта миокарда, ишемической болезни сердца, при нарушениях сердечного ритма, обусловленных применением сердечных гликозидов, миокардиодистрофии после перенесенных инфекционных заболеваний.
Применение препарата также показано при заболеваниях печени (гепатиты, цирроз, жировая дистрофия печени), для лечения урокопропорфирии.
Кроме того, рибоксин используют при операциях на изолированной почке как средство фармакологической защиты, когда временно выключается кровообращение оперируемого органа.